Bất cứ loại cá nào cũng có thể sử dụng để làm nước mắm, nhưng người sản xuất nước mắm Phú Quốc chỉ sử dụng cá cơm làm nguyên liệu. Cá cơm có khoảng chục loại, nhưng chỉ có cá cơm sọc tiêu, cá cơm đỏ và cá cơm than là cho chất lượng nước mắm cao nhất.

Ðiểm khác biệt của nước mắm Phú Quốc là cá cơm được trộn tươi trên tàu. Mùa đánh bắt chủ yếu trong năm là từ tháng 7 đến tháng 12. Khi lưới cá vừa được kéo cặp mạn, cá sẽ được vớt bằng vợt, loại bỏ tạp chất và súc rửa bằng nước biển, sau đó trộn đảo ngay với muối với tỷ lệ 3 cá 1 muối rồi đưa xuống hầm tàu. Cách trộn cá tươi như vậy giữ cho thịt cá không bị phân huỷ, nước mắm có hàm lượng đạm cao nhất, không có mùi hôi.